Харківська гімназія № 39 сьогодні - це сучасний заклад освіти, основними напрямками роботи якого є організація освітньої діяльності за програмою гімназії з гуманітарними профілями навчання (іноземної філології та економіко-правовим) у форматі школи повного дня. З 1994 року гімназія працює за семестрово-заліковою системою навчання (автор - доктор психологічних наук Подмазін С.І.). Впроваджується авторська система спецкурсів та факультативів "АЗІМУТ - 1,2,3". Протягом 11 років гімназія є управлінською майстернею інституту післядипломної освіти Харківського Національного педагогічного університету ім. Г.С. Сковороди з проблеми «Управління навчально-виховним процесом в умовах семестрово-блочно-залікової системи навчання». 14 років учні 7-10 класів навчаються у групах довузівської підготовки на базі Харківського Національного університету радіоелектроніки. учні 1-6 класів працюють у форматі школи повного дня. У гімназії працюють спортивна та тренажерна зали, комп'ютерний клас з виходом до радіо - Iпtеrпеt, сучасна бібліотека, Євроклуб. Виховна робота будується на поєднанні традиційних форм взаємодії вчителів і учнів та на основі гімназійного самоврядування - це президенська республіка "Країна дитячих мрій". У рамках гімназійного самоврядування гімназію очолює президент, організує діяльність республіки прем'єр-міністр, який керує міністерствами. А класи - це міста, роботу в яких очолюють мери.